MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci WC plasmid pcpWC

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018639	TCA	2	6	502	507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
2	NC_018639	GCT	2	6	556	561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598929
3	NC_018639	TGA	2	6	588	593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598929
4	NC_018639	TAA	2	6	600	605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598929
5	NC_018639	CTG	2	6	610	615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598929
6	NC_018639	TTTC	2	8	703	710	0 %	75 %	0 %	25 %	406598929
7	NC_018639	A	6	6	722	727	100 %	0 %	0 %	0 %	406598929
8	NC_018639	TTG	2	6	758	763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598929
9	NC_018639	AC	3	6	819	824	50 %	0 %	0 %	50 %	406598929
10	NC_018639	CTT	2	6	851	856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598929
11	NC_018639	AGG	2	6	876	881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598929
12	NC_018639	ATAC	2	8	892	899	50 %	25 %	0 %	25 %	406598929
13	NC_018639	TCT	2	6	982	987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598929
14	NC_018639	TATG	2	8	1034	1041	25 %	50 %	25 %	0 %	406598929
15	NC_018639	ATC	2	6	1089	1094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
16	NC_018639	T	7	7	1158	1164	0 %	100 %	0 %	0 %	406598929
17	NC_018639	TAC	2	6	1184	1189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
18	NC_018639	GTT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598929
19	NC_018639	ACC	2	6	1221	1226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598929
20	NC_018639	T	7	7	1341	1347	0 %	100 %	0 %	0 %	406598930
21	NC_018639	ATT	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598930
22	NC_018639	TAAG	2	8	1424	1431	50 %	25 %	25 %	0 %	406598930
23	NC_018639	A	6	6	1480	1485	100 %	0 %	0 %	0 %	406598930
24	NC_018639	T	6	6	1490	1495	0 %	100 %	0 %	0 %	406598930
25	NC_018639	TCAT	2	8	1588	1595	25 %	50 %	0 %	25 %	406598930
26	NC_018639	TTA	2	6	1687	1692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598931
27	NC_018639	TTTG	2	8	1697	1704	0 %	75 %	25 %	0 %	406598931
28	NC_018639	AT	3	6	1725	1730	50 %	50 %	0 %	0 %	406598931
29	NC_018639	ACCAC	2	10	1787	1796	40 %	0 %	0 %	60 %	406598931
30	NC_018639	ACC	2	6	1804	1809	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598931
31	NC_018639	AG	3	6	1817	1822	50 %	0 %	50 %	0 %	406598931
32	NC_018639	GTT	2	6	1846	1851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598931
33	NC_018639	AACA	2	8	1869	1876	75 %	0 %	0 %	25 %	406598931
34	NC_018639	TGA	2	6	1888	1893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598931
35	NC_018639	ATG	2	6	1976	1981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598931
36	NC_018639	CAG	2	6	1983	1988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598931
37	NC_018639	TAAA	2	8	2079	2086	75 %	25 %	0 %	0 %	406598931
38	NC_018639	T	6	6	2100	2105	0 %	100 %	0 %	0 %	406598931
39	NC_018639	ATT	2	6	2159	2164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598931
40	NC_018639	CTT	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598931
41	NC_018639	TGG	2	6	2286	2291	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598931
42	NC_018639	GCT	2	6	2351	2356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598931
43	NC_018639	GTT	2	6	2385	2390	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598931
44	NC_018639	TGT	2	6	2552	2557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
45	NC_018639	TTG	2	6	2575	2580	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
46	NC_018639	TAAA	2	8	2606	2613	75 %	25 %	0 %	0 %	406598932
47	NC_018639	CTT	2	6	2617	2622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
48	NC_018639	T	6	6	2621	2626	0 %	100 %	0 %	0 %	406598932
49	NC_018639	GTTT	2	8	2656	2663	0 %	75 %	25 %	0 %	406598932
50	NC_018639	T	7	7	2716	2722	0 %	100 %	0 %	0 %	406598932
51	NC_018639	AT	3	6	2739	2744	50 %	50 %	0 %	0 %	406598932
52	NC_018639	CTATTT	2	12	2782	2793	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406598932
53	NC_018639	T	8	8	2827	2834	0 %	100 %	0 %	0 %	406598932
54	NC_018639	CTA	2	6	2959	2964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598932
55	NC_018639	ATG	2	6	2982	2987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598932
56	NC_018639	T	6	6	2999	3004	0 %	100 %	0 %	0 %	406598932
57	NC_018639	TTC	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
58	NC_018639	GA	3	6	3094	3099	50 %	0 %	50 %	0 %	406598932
59	NC_018639	CTT	2	6	3121	3126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
60	NC_018639	CTT	2	6	3211	3216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
61	NC_018639	T	7	7	3254	3260	0 %	100 %	0 %	0 %	406598932
62	NC_018639	ATAA	2	8	3346	3353	75 %	25 %	0 %	0 %	406598932
63	NC_018639	TTG	2	6	3379	3384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
64	NC_018639	GCT	2	6	3405	3410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598932
65	NC_018639	TCT	2	6	3498	3503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
66	NC_018639	CTT	2	6	3585	3590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
67	NC_018639	GTT	2	6	3632	3637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598933
68	NC_018639	CTA	2	6	3666	3671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598933
69	NC_018639	AAT	2	6	3705	3710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
70	NC_018639	ACA	2	6	3780	3785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
71	NC_018639	TCT	2	6	3806	3811	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
72	NC_018639	T	6	6	3919	3924	0 %	100 %	0 %	0 %	406598933
73	NC_018639	AAG	2	6	4131	4136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598933
74	NC_018639	TC	3	6	4159	4164	0 %	50 %	0 %	50 %	406598933
75	NC_018639	ATTTG	2	10	4169	4178	20 %	60 %	20 %	0 %	406598933
76	NC_018639	GCA	2	6	4280	4285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598933
77	NC_018639	AAC	2	6	4288	4293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
78	NC_018639	ATA	2	6	4308	4313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
79	NC_018639	GAA	2	6	4334	4339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598933
80	NC_018639	AATC	2	8	4365	4372	50 %	25 %	0 %	25 %	406598933
81	NC_018639	ATG	2	6	4648	4653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598933
82	NC_018639	TCT	2	6	4729	4734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
83	NC_018639	GATATT	2	12	4757	4768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406598933
84	NC_018639	AT	3	6	4785	4790	50 %	50 %	0 %	0 %	406598933
85	NC_018639	AT	3	6	4806	4811	50 %	50 %	0 %	0 %	406598933
86	NC_018639	GTG	2	6	4834	4839	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598933
87	NC_018639	AAC	3	9	4855	4863	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
88	NC_018639	AAT	2	6	4878	4883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
89	NC_018639	A	6	6	4903	4908	100 %	0 %	0 %	0 %	406598933
90	NC_018639	TCT	2	6	4931	4936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
91	NC_018639	TG	4	8	5052	5059	0 %	50 %	50 %	0 %	406598934
92	NC_018639	AAC	2	6	5120	5125	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
93	NC_018639	TTTC	2	8	5141	5148	0 %	75 %	0 %	25 %	406598934
94	NC_018639	TCT	2	6	5219	5224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598934
95	NC_018639	AGAA	2	8	5272	5279	75 %	0 %	25 %	0 %	406598934
96	NC_018639	AGT	2	6	5371	5376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598934
97	NC_018639	GT	3	6	5375	5380	0 %	50 %	50 %	0 %	406598934
98	NC_018639	AGC	2	6	5407	5412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598934
99	NC_018639	TA	3	6	5417	5422	50 %	50 %	0 %	0 %	406598934
100	NC_018639	CTAA	2	8	5426	5433	50 %	25 %	0 %	25 %	406598934
101	NC_018639	AAT	2	6	5458	5463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598934
102	NC_018639	TCA	2	6	5482	5487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598934
103	NC_018639	TAT	2	6	5559	5564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598934
104	NC_018639	TTC	2	6	5619	5624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598934
105	NC_018639	ACA	2	6	5660	5665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
106	NC_018639	GT	3	6	5721	5726	0 %	50 %	50 %	0 %	406598934
107	NC_018639	ACA	2	6	5732	5737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
108	NC_018639	ATT	2	6	5738	5743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598934
109	NC_018639	GAAA	2	8	5789	5796	75 %	0 %	25 %	0 %	406598934
110	NC_018639	CA	3	6	5880	5885	50 %	0 %	0 %	50 %	406598934
111	NC_018639	A	7	7	5939	5945	100 %	0 %	0 %	0 %	406598934
112	NC_018639	CTA	2	6	6021	6026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598934
113	NC_018639	A	7	7	6043	6049	100 %	0 %	0 %	0 %	406598934
114	NC_018639	AGA	2	6	6220	6225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598935
115	NC_018639	T	8	8	6267	6274	0 %	100 %	0 %	0 %	406598935
116	NC_018639	ATA	3	9	6355	6363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
117	NC_018639	TGAT	2	8	6368	6375	25 %	50 %	25 %	0 %	406598935
118	NC_018639	TGT	2	6	6383	6388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598935
119	NC_018639	CT	3	6	6415	6420	0 %	50 %	0 %	50 %	406598935
120	NC_018639	T	6	6	6500	6505	0 %	100 %	0 %	0 %	406598935
121	NC_018639	A	6	6	6643	6648	100 %	0 %	0 %	0 %	406598935
122	NC_018639	AAC	2	6	6650	6655	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598935
123	NC_018639	CT	3	6	6658	6663	0 %	50 %	0 %	50 %	406598935
124	NC_018639	TAA	2	6	6747	6752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
125	NC_018639	AT	3	6	6789	6794	50 %	50 %	0 %	0 %	406598935
126	NC_018639	GCT	2	6	6800	6805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598935
127	NC_018639	AT	3	6	6930	6935	50 %	50 %	0 %	0 %	406598935
128	NC_018639	CTA	2	6	6942	6947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598935
129	NC_018639	TTCT	2	8	6971	6978	0 %	75 %	0 %	25 %	406598935
130	NC_018639	GCT	2	6	7013	7018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598935
131	NC_018639	AAT	2	6	7034	7039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
132	NC_018639	TGG	2	6	7049	7054	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598935

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.